Calcolatore del Peso Molecolare delle Proteine

Categoria: Biologia
- April 04, 2025
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Il peso molecolare di una proteina è calcolato utilizzando la somma delle masse isotopiche medie dei suoi residui di amminoacidi:

\[ MW = \sum (n_i \times MW_i) - (n_{peptide} \times MW_{H_2O}) \]

Dove:

  • \(n_i\) = Numero di ciascun amminoacido nella sequenza
  • \(MW_i\) = Peso molecolare di ciascun amminoacido
  • \(n_{peptide}\) = Numero totale di legami peptidici
  • \(MW_{H_2O}\) = Peso molecolare di una molecola d'acqua (18.02 Da)

Che cos'è il Calcolatore di Peso Molecolare delle Proteine?

Il Calcolatore di Peso Molecolare delle Proteine aiuta a determinare il peso molecolare di una proteina in base alla sua sequenza o composizione di amminoacidi. Calcola anche proprietà aggiuntive come il punto isoelettrico teorico (pI), il coefficiente di estinzione, l'idrofobicità (punteggio GRAVY) e la carica netta a pH 7.

Come Utilizzare il Calcolatore

Il calcolatore offre più modi per inserire i dati della proteina:

  • Metodo Sequenza: Inserisci la sequenza della proteina utilizzando i codici a una lettera degli amminoacidi.
  • Metodo Composizione: Inserisci manualmente il conteggio di ciascun amminoacido.
  • Opzioni Avanzate: Applica modifiche come acetilazione, legami disolfuro o modifiche terminali.

Caratteristiche Principali

  • Calcola il peso molecolare sia in Dalton (Da) che in kilodalton (kDa).
  • Determina il pI teorico basato sui valori di pKa degli amminoacidi.
  • Calcola il coefficiente di estinzione per l'assorbimento UV a 280 nm.
  • Stima l'idrofobicità utilizzando il punteggio GRAVY.
  • Considera modifiche personalizzate come fosforilazione, metilazione e ammidazione.

Perché è Importante il Peso Molecolare delle Proteine?

Conoscere il peso molecolare di una proteina è cruciale per:

  • Analisi elettroforetica (SDS-PAGE, Western blotting).
  • Identificazione tramite spettrometria di massa.
  • Purificazione delle proteine e cromatografia.
  • Studi strutturali e funzionali.

Domande Frequenti

Come viene calcolato il pI teorico?

Il punto isoelettrico (pI) è il pH al quale la proteina non ha carica netta. Viene calcolato utilizzando l'equazione di Henderson-Hasselbalch:

\[ pI = \frac{pKa_{pos} + pKa_{neg}}{2} \]

Che cos'è il coefficiente di estinzione?

Il coefficiente di estinzione è calcolato utilizzando il numero di residui di triptofano (W), tirosina (Y) e cisteina (C):

\[ \varepsilon = (n_W \times 5500) + (n_Y \times 1490) + (n_C \times 125) \]

Come gestisce il calcolatore le modifiche?

Il calcolatore consente di applicare varie modifiche post-traduzionali, che vengono aggiunte o sottratte dal peso molecolare della proteina.

Che cos'è il punteggio GRAVY?

Il Grand Average of Hydropathy (punteggio GRAVY) è una misura dell'idrofobicità delle proteine. Viene calcolato come:

\[ GRAVY = \frac{\sum (Hydropathy_{AA} \times n_{AA})}{Total\ Amino\ Acids} \]

Perché la molecola d'acqua è inclusa nel calcolo?

Ogni formazione di legame peptidico comporta la perdita di una molecola d'acqua, quindi la massa totale viene regolata di conseguenza.

Conclusione

Il Calcolatore di Peso Molecolare delle Proteine è uno strumento prezioso per ricercatori e studenti in biochimica e biologia molecolare. Che si tratti di analizzare la struttura delle proteine, di eseguire esperimenti o di interpretare risultati, questo strumento fornisce rapidamente e con precisione proprietà molecolari essenziali.